Удалить (очистить) тэги в магазине ShopScript

Пару SQL запросов решат проблему:
TRUNCATE TABLE shop_tag
TRUNCATE TABLE shop_product_tags

Если доступа к phpMyAdmin нет, то можно плагинами:

https://www.webasyst.ru/store/plugin/shop/cleanup/

https://www.webasyst.ru/store/plugin/shop/tageditor/